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Die Kontrolle bei der Primärproduktion schließt die Überwachung der Tiergesundheit ein. Nur von einem gesunden Tier kann ein unbedenkliches Lebensmittel produziert werden. Die Sanierung von Zoonosen (Erkrankungen, die auf den Menschen übergehen können) und von Tierseuchen mit hoher Ansteckungstendenz und hoher krankmachender Wirkung für die Tierbestände ist ein wichtiger Bestandteil dieser Überwachung.
Jeder Halter von Rindern, Schweinen, Schafen, Ziegen und anderen Klauentieren, Pferden, Gehehegewild, Kameliden, Laufvögel und Geflügel sowie Bienen hat seine Tierhaltung mit Angabe von Anzahl, Art der Tiere und Standort dem Amtstierarzt anzuzeigen. Wesentliche Änderungen sind auch mitzuteilen.
Jeder Rinder-, Schaf-, Ziegen- und Schweinehalter hat seine Tiere mit Ohrmarken zu kennzeichnen sowie ein Bestandsregister zu führen. Für jedes Rind ist ein Stammdatenblatt bereitzuhalten. Pferde benötigen eine individuelle elektronische Kennzeichnung (Chip), einen Equidenpass und werden in einer Datenbank über die Zuchtverbände s erfasst. Für ältere Pferde sind abweichende Übergangsregelungen vorgesehen. Veränderungen im Rinder-, Schafs-, Ziegen- und Schweinebestand sind im Herden-Informationssystem-Tiere (HIT) vom Tierhalter zu melden. Die Equiden, wie Pferde, Esel etc., werden ebenfalls im HIT registriert.
Einzelheiten zu rechtlichen Vorgaben können in der Viehverkehrsverordnung (ViehVerkV) ersehen werden.
Der Handel mit Tieren und Ausstellungen von Tieren bergen Gefahren für die Ausbreitung von Tierseuchen und werden überwacht.